Dai Noshiro, adolescent de 17 ans, vient de débarquer dans un nouveau lycée. Plutôt jovial et ouvert, il n'a aucun mal à s'intégrer dans ce nouvel environnement. Mais très vite, il remarque que dans sa nouvelle classe, un élève est mis de côté : un certain Kô Sanada. La rumeur raconte en effet qu'il est gay et personne n'ose l'approcher. Mais Noshiro, refusant l'injustice, décide d'essayer d'en faire son ami…

Sauvez le monde avec l'élite des agents (très) spéciaux : la famille Forger ! Une comédie d'espionnage pétillante ! Deux nations voisines partageant une haine réciproque, une paix fragile menacée par des hommes politiques ambitieux... Tel est le décor de SPYxFAMILY, avec, en premier rôle, Twilight, espion de Westalis missionné pour éviter la guerre qui se prépare en coulisses. Accompagné d'Anya, sa (fausse) fille adoptive, et de Yor, sa (fausse) épouse et vraie tueuse, Twilight alias Loid Forger doit approcher le chef du parti Nation Unifiée. Le plan consiste à faire admettre la petite Anya à la prestigieuse école Éden, où se retrouvent les enfants de l'élite d'Ostania, puis de la faire figurer parmi les meilleurs élèves de l'école. Un objectif qui relève de l'impossible, à moins de déployer des trésors de ruse et d'ingéniosité... Mais n'est-ce pas là, justement, le cœur du métier d'espion ?